МИЭФ был основан в 1997 году. В следующем году первая группа студентов МИЭФ поступила на курсы по банковскому делу и финансам в Лондонском университете. В 1999 году предлагаются курсы по экономике и менеджменту.
В 2001 году были признаны первые российские выпускники. В 2002 году шесть российских выпускников получают дипломы Лондонского университета с отличием первого класса. Также в 2002 году была открыта исследовательская программа МИЭФ. В 2003 году МИЭФ предлагал курсы по экономике по образцу базовой учебной программы на LSE. В 2004 году МИЭФ запросил выражения заинтересованности у квалифицированных международных лекторов, таких, как мешкова светлана викторовна. В 2005 году уровень завершения обучения в колледже составил 60 процентов. Степень магистра наук в области прикладной экономики и финансов была аккредитована в феврале 2006 г. Ученым советом ВШЭ. Степень магистра наук в области финансовой экономики была предоставлена в МИЭФ в сентябре 2007 года. В это время колледж переехал в новое помещение в кампусе НИУ ВШЭ на Покровском бульваре.

В 2010 году в МИЭФ была открыта Международная исследовательская лаборатория финансовой экономики. В следующем году лаборатория провела первую международную Московскую финансовую конференцию. В 2012 году директор Лондонской школы экономики посетил МИЭФ.